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Inagaki Yuji

Affiliation
Center for Computational Sciences
Official title
Professor
URL
Research fields
Evolutionary biology
Biodiversity/Systematics
Research keywords
eukaryotes
orgenelle evolution
molecular evolution
genome evolution
protein facotrs involved in translation
gene duplication
lataral gene transfer
Research projects
海洋バクテリアの長期炭素隔離機能に対する海洋酸性化の影響評価2016 -- 2019濱健夫日本学術振興会/科学研究費補助金 基盤研究(B)
非光合成生物の光適応進化の全容解明2017 -- 2020谷藤吾朗日本学術振興会/科学研究費補助金 基盤研究(B)
渦鞭毛藻細胞内に発見された新たな共生体痕跡核ゲノムの解読2016 -- 2018稲垣 祐司Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)17420000
新型分割イントロン切り出し因子同定に基づく真核生物mRNA成熟機構進化の解明2011 -- 2015Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(A)2000000
ミトコンドリア・色素体以外の共生オルガネラ成立過程の解明2011 -- 2015Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan/新学術領域研究50960000
ミトコンドリアを持たない真核微生物群フォルニカータの多様性の解明2011 -- 2013Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(B)1500000
藻類・プロティスト複合系の多様性研究の基盤構築2009 -- 2012Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(A)3700000
ハプト・クリプト藻類を含む新奇巨大生物群の提唱とクロムアルベオラータ仮説の検証2009 -- 2012Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(B)17020000
原始真核生物を求めて:新奇真核微生物の形態・発現遺伝子・ミトコンドリアゲノム解析2010 -- 2011Japan Society of for the Promotion of Science/挑戦的萌芽研究3420000
カタブレファリス類配列をふくむ連結データ系統解析によるクロミスタ仮説の検討2006 -- 2007Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(C)3900000
Career history
1996-01 -- 1996-03日本学術振興会 名古屋大学 特別研究員
1996-04 -- 1998-03㈱JT 生命誌研究館 奨励研究員
1998-04 -- 2000-03日本学術振興会 派遣先:カナダ・ダルハウジー大学 海外特別研究員
2000-04 -- 2004-03ダルハウジー大学(カナダ) 博士研究員
2004-04 -- 2005-07長浜バイオ大学 バイオサイエンス学部バイオサイエンス学科 講師
2005-08 -- 2007-03筑波大学 大学院生命環境科学研究科 助教授
2007-04 -- 2011-09筑波大学 大学院生命環境科学研究科 准教授
2011-10 -- 2016-03筑波大学 生命環境系 准教授
Academic background
1987-04 -- 1991-03Nagoya University Faculty of ScienceGraduated
1991-04 -- 1993-03Nagoya University Graduate School, Division of Natural Science 生物学専攻博士課程(前期)Completed
1993-04 -- 1995-12Nagoya University Graduate School, Division of Natural Science 生物学専攻博士課程(後期)Completed
Degree
1995-12博士(理学)Nagoya University
Academic societies
2004 -- (current)SOCIETY OF EVOLUTIONARY STUDIES, JAPAN
2005 -- (current)THE JAPANESE SOCIETY OF PHYCOLOGY
2004 -- (current)The Molecular Biology Society of Japan
-- (current)International Society for Evolutionary Protistology
2008 -- (current)International Society of Protistologists
2004 -- (current)Society for Molecular Biology and Evolution
Honors & Awards
1993-04-01公益信託森安大学院生奨学基金
2007-04-17科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞
2008-08-23日本進化学会研究奨励賞
Articles
Books
  • 第17章 現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化.
    稲垣 祐司; 中山卓郎
    共生微生物/pp.203-212, 2016-10
  • アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か?
    稲垣祐司
    2004-01
  • ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド
    稲垣祐司
    2007-07
Conference, etc.
  • 有殻アメーバのゲノム解読による一次細胞内共生進化の初期プロセスの解析.
    松尾充啓; 潟端篤; 立川誠; 水口洋平; 野口英樹; 豊田敦; 藤...
    日本植物学会第81回大会/2017-09-08--2017-09-10
  • セスジアカムカデ消化管内寄生虫の網羅的mRNAデータに基づくアピコンプレクサの初期進化に関する一考察
    宮田凌佑; 松尾恵梨子; 中山卓郎; 谷藤吾朗; 千頭康彦; 八畑...
    日本進化学会第19回大会/2017-08-24--2017-08-26
  • Morphology, ultrastructure and phylogeny of a new species of Glissandra (Protista incertae sedis).
    Shiratori Takashi; Yazaki Euki; Inagaki Yuji; Ishida Ken-...
    ICOP2017/2017-07-31--2107-08-04
  • A heterolobosean strain SRT213 and its mitochondrion-related organelle.
    Yazaki Euki; Shiratori Takashi; Kume Keitaro; Hashimoto T...
    ICOP2017/2017-07-31--2017-08-04
  • Parallel genome reduction in pedinophyte-derived plastids in green-colored dinoflagellates.
    Matsuo Eriko; Morita Konnosuke; Tanifuji Goro; Nakayama T...
    ICOP2017/2017-07-31--2017-08-04
  • Contribution of chlorarachniophytes to the chlorophyll a synthesis in green-colored dinoflagellates.
    Matsuo Eriko; Takahashi Kazuya; Sarai Chihiro; Iwataki Mi...
    ICOP2017/2017-07-31--2017-08-04
  • Molecular tinkering int he evolution of the membrane attachment mechanisms of the Rheb GTPase..
    Záhonová Kristína; Petrželková Romana; Euki Yazaki; Nishi...
    ICOP2017/2017-07-31--2017-08-04
  • 新奇ヘテロロボサ生物SRT213における縮退的ミトコンドリア機能の推測
    Euki Yazaki; Takashi Shiratori; Kume Keitaro; Tetsuo Hash...
    日本進化学会第19回大会/2017-08-24--2017-08-26
  • Mitochondrial genome of a protist branched at the base of Euglenozoa.
    Euki Yazaki; Takashi Shiratori; Kume Keitaro; Tetsuo Hash...
    Mitochondrial Genomics and Evolution, an SMBE Satellite Meeting/2017-09-03--2017-09-06
  • Giardiaに近縁な自由生活性鞭毛虫Dysnectes brevisのMRO機能の推測.
    井上貴史; 谷藤吾朗; 神川龍馬; 久米慶太郎; 稲垣 祐司; 橋本...
    第86回日本寄生虫学会大会/2017-05-28--2017-05-29
  • 153-gene phylogenetic analysis indicates a new single-celled eukaryote, strain SRT308, as a deep-branching euglenozoan.
    Euki Yazaki; Takashi Shiratori; Tetsuo Hashimoto; Ken-ich...
    Genome Evolution at Mishima/2017-03-27--2017-03-29
  • ランブル鞭毛虫近縁種における分割イントロン(splintron)の探索:splintronの普遍性と成立機構の解明に向けて
    杉崎真; 神川龍馬; 稲垣 祐司; 橋本哲男; 谷藤吾朗
    第86回日本寄生虫学会大会/2017-05-28--2017-05-29
  • セスジアカムカデ中のグレガリナ様寄生虫における非光合成色素体
    宮田凌佑; 松尾恵梨子; 中山卓郎; 谷藤吾朗; 千頭康彦; 八畑...
    日本藻類学会第41回大会/2017-03-24--2017-03-25
  • 系統的に独立な緑色渦鞭毛藻における代謝系進化パターンの類似性とその進化的背景
    松尾恵梨子; 高橋和也; 皿井千裕; 岩滝光儀; 稲垣 祐司
    日本藻類学会第41回大会/2017-03-24--2017-03-25
  • 有殻アメーバPaulinella chromatophoraのゲノム解析
    松尾充啓; 潟端篤; 水口洋平; 野口英樹; 豊田敦; 藤山秋佐夫;...
    第19回植物オルガネラワークショップ/2017-03-15--2017-03-15
  • 窒素固定珪藻と緑色渦鞭毛藻:一次共生と二次共生を解き明かす新しいモデルとして
    稲垣 祐司
    蛋白研セミナー”真核細胞のオルガネラ研究最前線”/2017-03-21--2017-03-22
  • Evolutionary roles of SL-trans-splicing in the primary endosymbiosis.
    Mitsuhiro Matsuo; Astushi Katahata; Soichrou Satoh; Mami ...
    ICES 2016/2016-09-10--2016-09-14
  • Gregarine-like apicomplexan parasite isolated from the intestinal tract of a centipede Scolopocryptops rubiginosus.
    Ryosuke Miyata; Takuro Nakayama; Goro Tanifuji; Yasuhiko ...
    ICES 2016/2016-09-10--2016-09-14
  • Loss of the Calvin Benson cycle in non-photosynthetic plastids.
    Ryoma Kamikawa; Stefan Zauner; Daniel Moog; Goro Tanifuji...
    ICES 2016/2016-09-10--2016-09-14
  • Differential impacts of plastid replacement on plastidal biosynthetic pathways in dinoflagellates with non-canonical plastids, Karlodinium veneficum and Lepidodinium chlorophorum.
    Eriko Matsuo; 稲垣 祐司
    ICES 2016/2016-09-10--2016-09-14
  • Phylogenetic positions of marine gregarines Selenidium terebellae and Lecudina tuzetae, and molecular evidence of their remnant nonphotosynthetic plastids (apicoplasts).
    Kevin Wakeman; Takuro Nakayama; Goro Tanifuji; Eriko Mats...
    ICES 2016/2016-09-10--2016-09-14
  • Plastid comparative genomics elucidates multiple independent losses of photosynthesis in Cryptomonas (Cryptophyta).
    Goro Tanifuji; Ryoma Kamikawa; Christa E. Moore; Tyler Mi...
    ICES 2016/2016-09-10--2016-09-14
  • A phylogenomic study placed a previously undescribed eukaryote, strain SRT308, at the base of the Euglenozoa clade.
    Euki Yazaki; Takashi Shiratori; Tetsuo Hashimoto; Ken-ich...
    ICES 2016/2016-09-10--2016-09-14
  • 真核生物進化の空白を埋める!分子系統解析が解き明かすプロティストの系統関係
    矢崎 裕規; 白鳥 峻志; 久米 慶太郎; 石田 健一郎; 橋本 哲男...
    日本進化学会第18回大会/2016-08-25--2016-08-28
  • 窒素固定始めました―Rhopalodia科珪藻に見る細胞内共生進化
    中山卓郎; 神川 龍馬; 谷藤 吾朗; 稲垣 祐司
    日本進化学会第18回大会/2016-08-25--2016-08-28
Teaching
2017-04 -- 2017-07Thesis Research in Biology of Organism Diversity (I)University of Tsukuba.
2017-11 -- 2018-02Seminar on Biology of Organism Diversity E (III)University of Tsukuba.
2017-11 -- 2018-02"Fundamental Biology, Laboratory III"University of Tsukuba.
2017-04 -- 2017-08"Fundamental Biology, Laboratory I"University of Tsukuba.
2017-11 -- 2018-02Seminar on Biology of Organism Diversity D (III)University of Tsukuba.
2017-04 -- 2017-07Seminar on Biology of Organism Diversity C (I)University of Tsukuba.
2017-11 -- 2018-02Seminar on Biology of Organism Diversity C (III)University of Tsukuba.
2017-04 -- 2017-07Seminar on Biology of Organism Diversity D (I)University of Tsukuba.
2017-10 -- 2017-11Seminar on Biology of Organism Diversity E (II)University of Tsukuba.
2017-07 -- 2017-08Seminar on Biology of Organism Diversity E (II)University of Tsukuba.
Talks
  • 渦鞭毛藻類における緑色葉緑体の起源と多様性
    稲垣祐司; 皿井千裕; 神川龍馬; 高橋和也; 岩滝光儀
    第15回植物オルガネラワークショップ/2013-03-20--2013-03-20
  • Searching for missing pieces in natural environments: With the emphasis on the importance of culture strains of enigmatic eukaryotes for global eukaryotic phylogeny.
    Ryoma Kamikawa; Akinori Yabuki; Tetsuo Hashimoto; Yuki Ni...
    第28回日本微生物生態学会/2012-09-19--2012-09-22
  • New aspects of the evolution of endosymbiotic bacterium-derived organelles.
    Yuji Inagaki; Ryoma Kamikawa; Takuro Nakayama; Goro Tanif...
    第28回日本微生物生態学会/2012-09-19--2012-09-22
  • A model for endosymbiotic genome reduction: epithemiacecan diatoms and their nitrogen-fixing organelle, spheroid body.
    Yuji Inagaki; Takuro Nakayama; Ryoma Kamikawa.
    Protist2012/2012-07-29--2012-08-03
  • Genome evolution of the nitrogen-fixing cyanobacterial endosymbiont in the diatom Epithemia turgida.
    Yuji Inagaki
    Integrated Microbial Biodiversity Program Meeting, Canadian Institute for Advanced Research/2012-05-09--2012-05-11
  • 新奇真核微生物からの大規模配列データで変貌し続ける、我々の真核生物大系統像
    稲垣祐司; 矢吹彬憲; 神川龍馬
    第31回微生物系統分類研究会/2011-11-25
  • 複数遺伝子に基づく有中心粒太陽虫とクリプト藻の分子系統解析
    坂口美亜子; 稲垣祐司; 橋本哲男
    第30回日本藻類学会年会/2006-03-27
  • 微細構造と分子系統解析に基づく新規エクスカベート類Dysnectes brevisの研究
    雪吹直史; 中山剛; 稲垣祐司; 井上勲
    第30回日本藻類学会年会/2006-03-27
  • Nitrogen-fixing organelles, spheroid bodies, in rhopalodiacean diatom cells as an evolutoinary model for understanding organelle acquisition.
    稲垣祐司; 中山卓郎; 笠井文絵; 大河内直彦
    第34回日本分子生物学会年会/2011-12-13
  • 複数遺伝子解析により明らかとなった放散虫と有孔虫の姉妹関係
    石谷佳之; 石川奏太; 稲垣祐司; 土屋正史; 瀧下清貴
    第11回放散虫研究集会/2011-10-29
  • Recent progress in placing newly-discovered lineages of protists in the deep tree of eukaryotes.
    Yuji Inagaki
    CGEB meeting/2011-08-06
  • Molecular phylogeny of the amitochondriate lineage, Fornicata, based on multi-gene analysis.
    Hiroshi Komatsuzaki; Kiyotaka Takishita; Martin Kolisko; ...
    SMBE2011/2011-07-26
  • Effective bootstrapping: A new method for estimating accurate credibilities of splits on a phylogenetic tree
    Akifumi S Tanabe; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto; Miwako ...
    SMBE2011/2011-07-26
  • Intragenomic gene conversion in the evolution of bacterial peptide-chain release factors.
    Sohta A Ishikawa; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki.
    SMBE2011/2011-07-26
  • Difference in transcriptional regulation between two genes encoding plastid-targeted GAPDH in the dinoflagellate Karenia mikimotoi.
    Yuki Yazaki; Ryoma Kamikawa; Takuya Matsumoto; Tetsuo Has...
    SMBE2011/2011-07-26
  • The phylogenetic position of the katablepharid Leucocryptos marina based on seven mitochondrial gene sequences.
    Yuki Nishimura; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Tetsuo Hash...
    SMBE2011/2011-07-26
  • Molecular evidence for the residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum.
    Takuya Matsumoto; Ryoma Kamikawa; Tetsuo Hashimoto; Yuji ...
    SMBE2011/2011-07-26
  • Spliceosomal introns in a split form: Another aspect of intron evolution in eukaryotes.
    Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Andrew J. Roger; Tetsuo Has...
    SMBE2011/2011-07-26
  • 真核生物における翻訳伸長因子遺伝子の多様性
    神川龍馬; 橋本哲男; 稲垣祐司
    平成23年度日本水産学会春季大会/2011-03-27
  • 赤潮原因ラフィド藻類におけるミトコンドリアゲノムの全塩基配列
    神川龍馬; 増田功; 上田学; 大山憲一; 吉松定昭; 稲垣祐司; ...
    平成23年度日本水産学会春季大会/2011-03-27
  • ミトコンドリアをもたないプロティスト分類群‘Fornicata’の分子系統:複数遺伝子に基づく解析
    小松崎洋志; 瀧下清貴; Marin Kolisko; 矢吹彬憲; 雪吹直史; ...
    第5回日本進化原生生物学研究会/2011-06-11
  • 最尤系統樹の信頼性指標に対するバイアスの定量化
    田辺晶史; 稲垣祐司; 橋本哲男; 辻美和子; 佐藤三久
    日本生態学会第58回札幌大会/2011-03-08
  • 複数遺伝子解析により得られた放散虫と有孔虫の姉妹関係
    石谷佳之; 石川奏太; 稲垣祐司; 土屋正史; 瀧下清貴
    第5回日本進化原生生物学研究会/2011-06-11
  • Tsukubamonas globosaのPhylogenomic解析と部分的ミトコンドリアゲノム
    神川龍馬; 矢吹彬憲; Martin Kolisko; 西村祐貴; 石川奏太; ...
    第5回日本進化原生生物学研究会/2011-06-11
  • 159遺伝子データに基づく従属栄養性真核微生物Palpitomonas bilixの系統的位置
    矢吹彬憲; 神川龍馬; Martin Kolisko; 石田健一郎; 田辺晶史;...
    第5回日本進化原生生物学研究会/2011-06-11

(Last updated: 2017-09-15)